Yeni Malatyaspor’un Spor Toto Süper Lig serüveni 6 yıl sürdü. Malatya temsilcisi, 2016-2017 sezonundan itibaren yer aldığı Süper Lig'e bu sezon veda etti.
Yeni Malatyaspor, Süper Ligde yer aldığı 6 yılda en iyi derecesine 2018-2019 sezonunda ulaştı. Kaplanlar Süper Lig'e çıktığı 3. yılında Teknik Direktör Erol Bulut ile iyi bir seri yakaladı. Doğu Anadolu ekibi ligi 5. sırada bitirerek UEFA Avrupa Ligi'nde ön eleme oynamaya hak kazanmıştı. Ligin bitimine 5 hafta kala Erol Bulut ile yollarını ayıran Yeni Malatyaspor, 2019-2020 sezonunun başında Teknik Direktör Sergen Yalçın ile anlaştı.
Sarı siyahlılar, UEFA Avrupa ligi ön eleme turunda Partizan takımına elenerek gruplara kalamadan elenmişti. Daha sonra Ziraat Türkiye Kupası'nın yarı finalinde Galatasaray’a 5-2’lik skorla mağlup olan kaplanlar Teknik Direktör Sergen Yalçın ile yollarını ayırdı. Sergen Yalçın’dan boşalan koltuğa Kemal Özdeş oturdu. Ve kısa süre sonra görevinden istifa etti. Teknik Direktör Hikmet Karaman ile anlaşan Yeni Malatyaspor sezon sonu ligi 17. sırada bitirdi. Sarı Siyahlılar küme potasından çıkamamıştı. Ancak pandemi neden ile Türkiye Futbol Federasyonu(TFF) tarafından küme düşmenin kaldırılmasıyla beraber Yeni Malatyaspor için Süper Lig serüveni yeniden başlamıştı. Hikmet Karaman ile yapılan sözleşme 18 Ağustos 2020'de karşılıklı olarak feshedilmişti.
2020-2021 Sezonun başında Teknik Direktör Hamza Hamzaoğlu ile anlaşan Sarı Siyahlılar, istedikleri hedefe ulaşamayınca 26. haftada yolları ayırdı. Yerine İrfan Buz getirildi. 40 maç sonunda 10 galibiyet 15 beraberlik ve 15 mağlubiyetle 45 puan toplayarak ligi 15. olarak tamamladı.
2021-2022 sezonun başında İrfan Buz ile devam eden sarı-siyahlılarda işler iyi gitmeyince İrfan Buz ile de yolları ayırdı. Ligin ortalarında Rumen Teknik Adam Marius Sumudica ile anlaşan Doğu ekibi yine istedikleri başarıyı sağlayamadı. Daha sonra Teknik direktör Cihat Arslan’ı getiren Yeni Malatyaspor üst üste aldığı mağlubiyetlerle toparlanmayarak lige veda etti.
